Miguel foi é filho do ourives Tomás da Silva Dutra (s.d.-1835), avô do pintor, escultor e musicista Joaquim Miguel Dutra (1864-1930) e bisavô dos pintores Antônio de Pádua Dutra (1905-1939), Alípio Dutra (1892-1964), Archimedes Dutra (1908-1983) e João Dutra (1893-1983). Com seu pai aprendeu o ofício de ourives. Ainda estudou gramática, latim, humanidades, música e rudimentos de teologia com os franciscanos ituanos.
Em 1937 os irmãos Dutra fizeram uma grande mostra de arte dos artistas da família no salão das Arcadas. Havia as obras do pai, Joaquim Dutra, de seus filhos José Dutra, Alípio Dutra, Arquimedes Dutra e Antônio Pádua Dutra, e do bisavô, Miguelzinho Dutra, do qual mostraram três aquarelas. Destas, hoje, não se sabe o paradeiro
Em 1841, o artista executou os desenhos que circundam o primeiro mapa da cidade de São Paulo. Desenhou, em 1847, o pavilhão do Ipiranga, o mais antigo documento iconográfico do local. Entre 1853 e 1855 dedicou-se à construção da Igreja Nossa Senhora da Boa Morte, em Piracicaba, São Paulo. Realizou, em 1854, o projeto para a Igreja Matriz de Rio Claro, São Paulo.
Em 1873 inaugura a Capela do Paço do Senhor do Horto, em Piracicaba, na qual trabalhou como projetista e entalhador das portas, das imagens e do altar. Em 1981 foi organizado o catálogo Miguel Dutra Poliédrico Artista Paulista, com 52 aquarelas que fazem parte da coleção do Museu Paulista da Universidade de São Paulo (MP/USP).Miguelzinho Dutra morreu em setembro de 1875, na cidade de Piracicaba. Foi enterrado na Igreja da Boa Morte, por ele projetada e construída. O jornal A Província de São Paulo (Estadão), na edição do dia 28 daquele mês e ano, dizia: “Viveu sempre uma vida honrada, morrendo pobre. Era homem muito curioso e amigo do saber, pelo que conseguiu colecionar grande número de espécimes de zoologia, botânica, mineralogia, pintura e arqueologia”.